2.總經理室
下設經營企畫組及專案管理組等，負責年度計畫及整合性專案推動；秉承總經理交辦事項處理。

3.工安室
負責工業安全衛生管理事宜。

4.研究本部
下設研一部、研二部。
負責藥品研究與發展，學名藥劑開發與試驗。

5.生產本部
下設生產部、廠務部、品管部、生產技術處及工程課。
負責公司產品生產製造。

6.營銷本部
下設企訓部、營管處及獸藥處，另依通路設置營一部～營六部。
負責公司產品宣傳、銷售、營業管理等行銷事宜。

7.管理本部
下設人資部、管理部、財務部、資訊課。
負責財務會計、資訊、總物資材、人力資源等管理事務。

8.國際業務部
下設歐美事業處、亞洲事業處、東南亞事業處。
負責國際事業策略規劃、目標管理、區域營運銷售。

9.中藥食品處
負責中藥、健康食品等產品製造管理。

10.合成部
下設業務、研究、合成一課、合成二課及品管。
負責合成原料藥之研究、生產及銷售業務管理。